Ο Νικόλαος Θωμαΐδης είναι Καθηγητής Αναλυτικής Χημείας στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ), Αναπληρωτής Πρόεδρος του Συμβουλίου Διοίκησης του ΕΚΠΑ από το 2023 και Πρόεδρος της Εταιρείας Αξιοποίησης & Διαχείρισης της Περιουσίας του Πανεπιστημίου Αθηνών (Ε.Α.Δ.Π.Π.Α.) από το 2018. Η Εταιρεία έχει ως αποστολή τη διαχείριση και αξιοποίηση της ακίνητης περιουσίας και των κληροδοτημάτων του Πανεπιστημίου, συμβάλλοντας στην επίτευξη των εκπαιδευτικών, ερευνητικών και αναπτυξιακών στόχων του ΕΚΠΑ.
Είναι ιδρυτής και συντονιστής του Γραφείου Προσέλκυσης Χρηματοδοτήσεων της Ε.Α.Δ.Π.Π.Α., με ενεργό ρόλο στην ανάπτυξη και υποστήριξη χρηματοδοτικών πρωτοβουλιών.
Παράλληλα, είναι Αντιπρόεδρος του Περιφερειακού Συμβουλίου Έρευνας και Καινοτομίας της Περιφέρειας Αττικής.
Εκτός των διοικητικών του καθηκόντων, ηγείται ερευνητικής ομάδας με πάνω από 40 ερευνητές.